El Gobierno del Departamento está regido por el Consejo de Departamento y los cargos unipersonales: el/la Director/a, el/la Subdirector/a y el/la Secretario/a Académico/a.
Para el funcionamiento del día a día, y con el fin de una mayor agilidad en la gestión, el Consejo de Departamento tiene un órgano delegado, la Comisión de Gobierno. Las funciones de la Comisión de Gobierno se encuentran recogidas en el Reglamento de Régimen Interno del Departamento de Química Física y Analítica. La Comisión de Gobierno podrá crear, para una gestión más eficaz de los asuntos que sean de su competencia, cuantas subcomisiones estime convenientes, contando siempre con miembros de la misma.
